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行业新闻
单细胞微流体服务实验室
行业新闻 2018-11-27 17:15
  我们是赫尔辛基大学HiLIFE单细胞组学平台的3个节点之一,并与功能基因组学单位(FuGU)的 Illumina测序服务一起提供以下单细胞和大量RNAseq服务。 我们的大多数文库都使用NextSeq500高输出75循环试剂盒进行测序,通常产生4亿次读数。

  新闻:单细胞Western blot设备MILO(ProteinSimple)刚刚到货,并将在夏季结束时启动并运行。 用于PDMS芯片原型制作和小规模制造的软光刻站也将在2018年秋季推出。
单细胞微流体服务实验室

  Drop-seq单细胞RNAseq。 具有条形码微珠的这种成本有效的液滴微流体方法最初在哈佛医学院的麦卡罗尔实验室 ( Macosko等,Cell 2015 )开发,并且我们使用Dolomite-Bio微流体装置运行Drop-seq方案。 大约5%的输入细胞将被条形码化,因此如果您的起始材料至少为100 000个细胞,则此方法是合适的。 读取序列位于poly-A mRNA转录物的3'末端。 如果新鲜细胞的可用性是一个挑战,我们已经测试了用于甲醇,DSP和RNAlater固定细胞的Drop-seq - 请联系以获取详细信息。 我们还建立了用于细胞捕获的Seq-Well方案,其中微孔载玻片代替小滴,由麻省理工学院的Shalek实验室开发( Gierahn等,Nat Methods 2017 )。 对于可用细胞数量较少的样品,由于细胞捕获率高于Drop-seq,Seq-Well是有益的。 它只需要10.000个单元甚至更少的输入。

  FACS分选单细胞RNAseq。 如果您感兴趣的细胞非常罕见并且数量有限,您还可以手动挑选或FACS将所需的细胞部分逐个细胞分选到96孔板中,使用裂解缓冲液和特异性poly-A捕获寡核苷酸。 我们使用Drop-seq类似寡核苷酸的内部修改协议允许汇集标记,测序和分析管道,类似于Drop-seq。 除了目前的3'标记协议,我们很快就会将其设置为5'标记以及全长覆盖版本。 请事先与我们联系,例如Biomedicum FACS核心。


单细胞微流体服务实验室

  具有Drop-seq化学的批量RNAseq。 在96孔板上的FACS分选单细胞方法也可用作总RNA样品的非常经济的大量RNAseq方法。 也可以裂解非常有限的细胞数的细胞级分并直接分析而无需单独的RNA提取。

  定制微流体。 除了单细胞液滴捕获之外,具有3个压力室/流量控制器和高速相机显微镜的Dolomite-Bio微流体装置可以使用Dolomite-Microfluidics网络目录中提供的芯片设计进行各种其他测定。 将额外收取新检测的设置成本。 我们还可以帮助阿尔托大学Micronova纳米加工中心和埃斯波VTT设计和生产定制PDMS微流体芯片,并且在秋季期间,所有基本光刻设备也将设置到Meilahti。


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  DNA,RNA和文库质量检查。 我们使用Perkin Elmer LabChip GX Touch HT毛细管电泳系统检查DNA或RNA完整性和NGS文库的大小和浓度,每次运行最多384个样品。 特别是对于大量样品,LabChip非常经济高效且快速。

  单细胞/大量RNAseq数据的生物信息学。 如果您不熟悉RNAseq数据分析,我们可以教您如何将Illumina原始FASTQ文件处理成基因组对齐的数字表达矩阵,并进一步研究生物学上有意义的细胞类型聚类和差异表达数据。 如果您对R和命令行工作不满意,我们可以指导您如何使用用户友好的CSC Chipster平台分析您自己的数据,其中安装了Drop-seq管道和Seurat工具,并添加了更多单细胞工具在未来。


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