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鲟鱼中MicroRNA转录组的测序
行业新闻 2019-01-10 15:46

  2016年,10x Genomics公司推出ChromiumTM系统,这是一套分子条形码和分析系统,由仪器、试剂盒和信息学软件组成,能全面对接Illumina测序仪。

  鲟鱼被认为是活化石,具有很高的进化,经济和保护价值。由染色体重复引起的鲟鱼的倍性可能导致涉及倍性和生理过程的新微小RNA(miRNA)的出现。

鲟鱼中MicroRNA转录组的测序

  在本研究中,来自华南濒危动物研究所的研究人员通过RNA-seq高通量测序结合微阵列和实时PCR的表达分析进行了第一次鲟鱼miRNA分析,旨在发现鲟鱼特异性miRNA,确认miRNA的表达模式,并说明miRNAs靶标对鲟鱼生物过程的潜在作用。共鉴定出103种miRNA,包括58种具有强烈检测信号的miRNA(信号> 500和P≤0.01),通过微阵列检测。实时PCR测定支持通过微阵列获得的表达模式。此外,所有五种组织中21种miRNA的共表达和16种miRNA的组织特异性表达暗示了它们在鲟鱼生理过程中的关键和特殊功能。靶基因预测,特别是58个miRNA调节的富集功能基因组(369个GO术语)和途径(37个KEGG)(P<0.05),说明了miRNA和推定的mRNA的相互作用,以及这些生物过程中涉及的潜在机制。这些鲟鱼miRNA的新发现扩展了该物种的转录组信息公共数据库,有助于我们对鲟鱼生物学的理解,并提供可用于鲟鱼繁殖的宝贵数据。

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