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转录组测序-毛白杨
行业新闻 2019-01-07 11:28

  2016年,10x Genomics公司推出ChromiumTM系统,这是一套分子条形码和分析系统,由仪器、试剂盒和信息学软件组成,能全面对接Illumina测序仪。

  木材形成影响木材的化学和物理性质,因此影响其作为建筑材料或生物燃料,纸浆和纸的原料的效用。为了获得基因组范围内对木材形成中转录组测序变化和调控网络的见解,北京林业大学的研究人员使用高通量RNA测序来表征来自张力木(TW),木材(OW)和成熟木质部的成熟木质部的cDNA文库。普通木材(NW),在工业树种毛白杨(Populus tomentosa)中。

转录组测序

  它们的测序产生140,978,316(TW),128,972,228(OW)和117,672,362(NW)读数,对应于10,127(TW),10,129(OW)和10,129(NW)独特基因。其中,361个基因在TW和OW之间差异转录(log2FC≥1或≤-1,FDR <0。05),OW和NW之间差异为2,658,TW和NW之间差异为2,417。这表明NW与树枝中的木材明显不同; GO术语分析还表明OW经历了更多的转录组测序重构。差异表达的基因包括97个编码转录因子(TF),40个参与激素信号转导,33个参与木质素生物合成,21个参与类黄酮生物合成,43个参与细胞壁代谢,包括纤维素合成酶,蔗糖合成酶和COBRA。与TW或OW相比,超过一半差异表达的TF在NW中表现出低4倍以上的转录水平,表明不同木材类型的TF丰度差异显着,并且可能在反应木材的形成中起重要作用。此外,与TW相比,参与木质素生物合成的大多数基因的转录物在OW中更丰富,这与OW的较高木质素含量一致。

  基于不同基因的共表达模式,研究人员构建了两个用于调节木质素和纤维素生物合成的转录组网络,包括TF。最后,他们使用逆转录定量PCR来验证鉴定的差异表达基因。表明不同木材类型的TF丰度差异显着,可能在反应木材的形成中起重要作用。此外,与TW相比,参与木质素生物合成的大多数基因的转录物在OW中更丰富,这与OW的较高木质素含量一致。基于不同基因的共表达模式,研究人员构建了两个用于调节木质素和纤维素生物合成的转录组网络,包括TF。最后,他们使用逆转录定量PCR来验证鉴定的差异表达基因。表明不同木材类型的TF丰度差异显着,可能在反应木材的形成中起重要作用。

  此外,与TW相比,参与木质素生物合成的大多数基因的转录物在OW中更丰富,这与OW的较高木质素含量一致。基于不同基因的共表达模式,研究人员构建了两个用于调节木质素和纤维素生物合成的转录组网络,包括TF。最后,他们使用逆转录定量PCR来验证鉴定的差异表达基因。基于不同基因的共表达模式,研究人员构建了两个用于调节木质素和纤维素生物合成的转录组测序众乐彩票网络,包括TF。最后,他们使用逆转录定量PCR来验证鉴定的差异表达基因。基于不同基因的共表达模式,研究人员构建了两个用于调节木质素和纤维素生物合成的转录组网络,包括TF。最后,他们使用逆转录定量PCR来验证鉴定的差异表达基因。  

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