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人和小鼠胰腺关于单细胞转录组图谱讲解
行业新闻 2018-12-29 16:37

  2016年,10x Genomics公司推出ChromiumTM系统,这是一套分子条形码和分析系统,由仪器、试剂盒和信息学软件组成,能全面对接Illumina测序仪。

  尽管哺乳动物胰腺的功能取决于不同细胞类型的复杂相互作用,但基因表达谱主要用大量混合物描述。从研究人员在这里以色列理工学院实施了基于液滴的单细胞RNA-seq测序方法,以确定来自四个人供体和两个小鼠品系的超过12,000个个体胰腺细胞的转录组。

人和小鼠胰腺关于单细胞转录组图谱讲解

  细胞可分为15个簇,这些簇与先前表征的细胞类型相匹配:所有内分泌细胞类型,包括稀有ε细胞; 外分泌细胞类型; 血管细胞; 施万细胞; 静止和活化的星状细胞; 和四种类型的免疫细胞。研究人员检测了具有不同表达谱的导管细胞亚群,并用免疫组织化学染色法验证了它们的存在。此外,在人类β细胞中,他们检测到与功能成熟和ER应激水平相关的基因调控的异质性。最后,他们使用单细胞数据对大量基因表达样本进行去卷积,以检测与疾病相关的差异表达。该数据集为发现新的细胞类型特异性转录因子,信号传导受体和医学相关基因提供了资源。

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