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濒危动物中蝾螈的实验转录组学分析讲解
行业新闻 2018-12-27 13:23

  2016年,10x Genomics公司推出ChromiumTM系统,这是一套分子条形码和分析系统,由仪器、试剂盒和信息学软件组成,能全面对接Illumina测序仪。

  中国蝾螈(Hynobius chinensis)是中国特有的濒危两栖蝾螈,因其研究古生物学进化史和减少种群规模的价值而备受关注。尽管对Hynobius chinensis基因组越来越感兴趣,但该物种的基因组资源仍然非常有限。应该产生一个综合的Hynobius chinensis转录组,它将为基因组注释,候选基因鉴定和分子标记开发提供资源以补充它。

濒危动物中蝾螈的实验转录组学分析讲解

  中国浙江海洋大学的研究人员通过Illumina测序进行了Hynobius chinensis转录组的从头组装。总共获得148,510个非冗余unigenes,平均长度约为580bp。总共60,388(40.66%)unigenes在至少一个数据库中显示同源匹配,并且33,537(22.58%)unigenes在所有四个数据库中注释。总共有41,553个unigenes通过BLAST2GO搜索被分类为62个子类别,并且19,468个转录物被分配到140个KEGG途径。鉴定了大量涉及免疫系统,局部适应,繁殖和性别决定的unigenes,以及31,982个简单序列重复(SSR)和460,923个推定的单核苷酸多态性(SNP)。

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