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RNA-Seq揭示了人类基因组中小RNA表达的程度
行业新闻 2018-12-07 15:08

  虽然小的非编码RNA测序数据的数量不断增加,但仍然不清楚小RNA在人类基因组中的代表程度。萨尔大学的研究人员已经分析了来自近25,000个数据集的3030亿个测序读数来回答这个问题。
 

众乐彩票   研究人员确定,人类基因组的0。8%被874,123个区域可靠覆盖,平均长度为31nt。在这些区域的基础上,他们发现在已知的小型非编码RNA类别中,microRNAs是最普遍的。在随后的步骤中,他们表征了miRNA的变体,并对11,877个候选miRNA进行了分阶段验证。其中,许多实际上在肺癌中表达并且显着失调。最终的候选人最终通过北方污点进行了验证。虽然分离的miRNA仍然可以存在于人类基因组中,但我们提出的可能包含人类miRNA的最大部分。

转录组测序

  图(A)描述了通过微阵列对人(候选)miRNA的首次验证。所有4297个成熟(候选)miRNA的聚类热图,其基于无扩增杂交在高质量RNA样品中显示信号。图(B)给出了一个代表性的例子,其映射分布如图3所示。除了堆积图之外,还显示了二级结构。图(C)显示了与肺癌(蓝色)和对照样品(橙色)杂交的人血液miRNA阵列的结果。结果显示为热图,由顶层树状图(样本聚类)和左侧(miRNA聚类)的层次聚类产生。

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